Rinne an ninja staidéar ar feadh i bhfad agus ar deireadh tá an t-am tagtha chun a chuid eolais agus scileanna a úsáid i Dark Ninja Hanjo. Chuir Sensei in iúl dá mhac léinn go raibh sé réidh le saol neamhspleách a thosú, ach ag an am céanna, iarradh ar an iar-mhac léinn misean an-tábhachtach a dhéanamh chun an chathair a athchóiriú. Léireoidh an misean cé chomh ullmhaithe is atá an laoch. Tá an chathair ídithe ag dorchadas; Beidh an ninja in ann a thaispeáint cad atá sé in ann. Faigh treoracha ón múinteoir; ag an gcéim tosaigh, beidh sé in éineacht lena mhac léinn, ach ansin ní mór duit gníomhú ar do chuid féin i Dark Ninja Hanjo.