Bhí Ninjas le feiceáil sa tSeapáin meánaoiseach agus bhí siad mar spiairí, gasóga, agus saboteurs taiscéalaíochta. Chaith siad éadaí dorcha, chlúdaigh siad a n-aghaidh agus d'oibrigh siad den chuid is mó ar an oíche, ag bogadh go ciúin agus ag comhlíonadh tascanna sannta. Bhain gach ninjas máistreacht ar ealaín na ninjutsu. Go bunúsach, is cineál laochra iad ninjas a úsáidtear in oibríochtaí speisialta, cosúil le fórsaí speisialta na Seapáine. Cuirtear misean rúnda de chúram ar laoch an chluiche Ninja Speed Runner freisin, agus mar sin bogann sé go tapa. Shurikens ag eitilt i dtreo dó, as a gcaithfidh sé Dodge agus beidh tú ag cabhrú leis le seo, forcing an laoch chun léim nó lachan i Ninja Luas Runner.
