Cuirtear isteach arís ar an saol sa Ríocht Muisiriún mar gheall ar fhuadach na Banphrionsa Peach. Ní féidir le Bowser suaimhniú agus ní féidir leis teacht ar aon rud nua ach amháin an banphrionsa a fhuadach. Beidh Mario i Super Mario Flash dul ar thuras chun cailín a shábháil, ní hé seo an chéad uair dó, agus tá cúis agat a bheith ina rannpháirtí arís in eachtra spraoi. Treoir Mario ar fud an ardáin, léim ar beacáin olc agus turtair. Faigh an eitilt draíochta mór agaric a seal an pluiméir isteach Super Mario. Ina theannta sin, is féidir leat bláth draíochta a fháil ar na hardáin, a neartóidh an laoch freisin agus tabharfaidh sé neart dó i Super Mario Flash.
